Помимо чисто функциональных разделов, на сайте есть немного лишнего — того, что не влияет ни на статистику, ни на игровой процесс, а просто добавляет атмосферы. На главной странице спрятан небольшой скрипт с случайными визуальными эффектами: иногда логотип сайта на долю секунды подменяется на альтернативный текст, иногда проскакивает мелкий глитч-мерцание, иногда появляется что-то ещё — всё это срабатывает не каждый раз, а с определённым шансом, так что два разных посещения сайта редко выглядят одинаково.
Есть и скрытый триггер: если кликнуть по логотипу нужное количество раз подряд, запускается отдельная анимация «нарушения режима», отсылающая к игровой механике breach из самой SCP: Secret Laboratory — на экране это выглядит как временный сбой интерфейса на несколько секунд, после чего всё возвращается в норму. Скрипт при этом уважает системную настройку «уменьшить анимацию» и не запускает лишние эффекты, если она включена у пользователя.
Отдельно на сайте живут две скрытые фан-странички, посвящённые персонажам аниме — своего рода внутренняя шутка команды проекта, не привязанная к остальному функционалу сайта напрямую.